Franco Lobos vistió toda su vida la camiseta de Universidad de Chile, exceptuando sus breves pasos por el equipo juvenil del Celta de Vigo en 2017 y luego en el primer equipo de Unión La Calera en 2019 a modo de préstamo. Luego de eso, el jugador terminó su vínculo con el cuadro laico y se fue a Cobresal.
Actualmente en El Salvador, el atacante formado en la U, participó de un ping pong de preguntas con Máxima Jugada afuera del recinto de Cobresal, y al momento de ser consultado por el equipo que hincha, Lobos se tomó un momento para reflexionar y dijo que cuando chico era fanático del conjunto del CDA, pero ya no.
